【隆武政权之所以如此迅速地覆灭，实际上是因为郑芝龙的背叛和出卖。
弘光元年（公元 1645年）六月，南京城沦陷，原本担任总兵官的郑鸿逵和郑彩等人撤退回到了福建。他们在途中偶然遇到了正在前往杭州的唐王朱聿键，并将他护送回了福建。而福建则是郑芝龙的势力范围，朱聿键能够顺利登基称帝，也完全得益于这位强大的海商霸主的支持。
郑芝龙，小名唤作一官，于万历三十二年降生于福建南安石井的一户小官吏家庭之中。当他年满十七岁时，便毅然决然地奔赴香山澳（即现今的澳门），投奔其舅父黄程。在此期间，他曾前往马尼拉，并熟练掌握了卢西塔语与葡萄牙文。在与葡萄牙人的交往过程中，受到他们的影响，郑芝龙接受了天主教的洗礼，获赐教名为贾斯帕，此外还有一个名字叫做尼古拉。因此，外国人常称呼他为尼古拉·一官。
起初，郑芝龙追随日本平户岛的华侨富商李旦，担任翻译等职务，而后逐渐成为李旦的得力助手，深得李旦的信赖。天启五年之际，身为日本长崎、平户地区侨领的李旦，向荷兰长官宋克申请到了出航许可证。同年七月，他从大员启航返回平户。然而，令人意想不到的是，仅仅过了一个多月，李旦便在平户与世长辞。李旦没有妻子儿女，因此他在台湾的产业和事业全部留给了郑一官。
时间来到天启七年，此时郑芝龙已经拥有了 700 艘船只！此时，闽南地区遭遇严重旱灾，土地干裂，许多村庄甚至连草根树皮都被吃光。农历二月时，郑芝龙将泉州数万饥民召集起来前往台湾开垦荒地。他对待百姓非常好，不仅不杀人，还救济贫困之人，威望甚至超过了当地官员！
崇祯元年，闽南地区再次遭受大旱，饥民数量庞大。在熊文灿的支持下，郑芝龙又开始招募漳州、泉州的灾民数万人！并且，“每人给予三两银子，每三个人提供一头耕牛”，通过海船将他们运往台湾进行垦荒定居。在台湾的历史上，郑芝龙是第一个组织大规模移民的人！
郑芝龙不仅如此，还积极向朝廷表示忠心，发誓要彻底铲除蛮夷海盗，剿灭平定各路盗贼。于是乎，朝廷便任命他为海防游击，并赐予他“五虎游击将军”的殊荣。紧接着，郑芝龙毅然决然地离开了他苦心经营多年的海上根据地——台湾，前往闽海镇守。
此时的郑芝龙如日中天，麾下拥有三万余众的强大兵力，船只更是多达千余艘。他依然率领着昔日的旧部，为明朝政府戍守沿海地区，严密防范海盗、倭寇以及荷兰人的侵袭。凭借着卓越的战功和出色的领导才能，郑芝龙的官职一路攀升至总兵。崇祯三年的初春，郑芝龙在晋江安海镇大兴土木，耗费巨资建造了一座极其奢华的府邸。这座府邸历经整整三年零两个月的精心施工才终于竣工落成。
也是崇祯三年这一年年，郑芝龙在福建沿海金门海战把荷兰东印度公司的舰队打得落花流水，从那以后啊，海上就太平多啦，做海外贸易的，都用郑氏的旗号。就这样，郑芝龙的通商范围那叫一个广，东洋、南洋到处都有，手下有包括汉人、日本人、朝鲜人、非洲黑人等等各色人种，加起来有二十万人！还有超过三千艘大、小船的船队，在华东与华南的海洋世界那可是称霸一方啊！
崇祯十七年（1644年），甲申国变，明朝灭亡，福王朱由崧建立了南明政权。当时，郑芝龙手握重兵，控制着东南沿海地区。南明的弘光皇帝封郑芝龙为南安伯，福建总镇，让他负责福建全省的抗清军务。
隆武帝和郑芝龙之间曾有过一段蜜月期。1645 年闰六月初，朱聿键在众多文武官员的簇拥下抵达福建。起初，行宫选址在布政司，但由于时间紧迫，官吏们忙于搬运物品和修缮工作，无法及时完成准备，于是他们只好先在郑芝龙的总兵府落脚。待隆武帝正式登基后，立即册封郑芝龙、郑鸿逵为侯，并赐予郑芝豹澄济伯的爵位。
此外，由于隆武帝尚无子嗣，对郑芝龙长子郑森的才华十分欣赏，特赐国姓朱，改名为朱成功，任命他统领禁军。尽管隆武帝没有合适的女儿可供出嫁，但仍按照驸马的标准对待朱成功，加封其为忠孝伯。
然而，此后两人之间便爆发了激烈的冲突。
首先是文武大臣间的冲突。
自古以来，天下的人才出路，无非就是文武两条路。可这文武往往互相看不顺眼。文人觉得武人没文化，有理跟他们讲不清楚，武人又觉得文人没啥用，不识时务。所以没事的时候就互相讥讽，有事的时候就互相倾轧。
谈到隆武朝时期的“文武之争”，就不能不提到大学士黄道周和户部尚书何楷在朝堂上公然对抗郑氏家族的英勇事迹。
黄道周乃是明末着名的大儒，他以卓越的文章和高尚的气节而闻名于世，成为了东林复社人士推崇备至的楷模。他曾经在弘光朝担任过短暂的礼部尚书职位，但在隆武朝却被任命为内阁大学士。
户部尚书何楷同样来自福建漳浦，与黄道周同乡。在崇祯十一年，他们二人携手修撰刘同升、御史林兰友以及编修赵士春，共同三次上疏弹劾杨嗣昌，展现出刚正不阿的铮臣风范，赢得了全国上下的赞誉，当时人们称他们为“长安五谏”（此处长安代指北京）。
两人与郑芝龙、郑鸿逵争斗的过程如下：
皇上设宴款待大臣，郑芝龙以侯爵之位排在宰相之上，首辅黄道周说道：“按照祖制，武官不能排在文官右边。”两人为此争论不休，最后还是黄道周占了上风，郑芝龙则闷闷不乐。
郑芝龙和郑鸿逵仗着自己有拥立隆武的功劳，提拔自己人，比如吏科给事中朱作楫、户部主事叶正发，都是他们的门人。后来，皇上不完全听从他们的意见，他们就心怀怨恨。等到在南台举行郊天大典时，他们都称病不去。户部尚书何楷弹劾他们，说：“朝廷的重大典礼，没有比郊天大典更重要的了，而两位勋臣不出席陪祭，这是没有臣子的礼节！”
不久之后，郑鸿逵在殿上挥动扇子，何楷呵斥他，郑芝龙和郑鸿逵更加愤怒。
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